布魯克APEX3-IDEAL更好的數據，更好的結構精修方法

 

  新一代的D8QUEST/VENTURE配備了更強的光源，更靈敏，更大的探測器，讓我們能夠更高效地收集更高分辨率的數據。晶體數據分辨率的提高，讓我們能夠更清晰地看到原子世界的奧秘，比如成鍵電子，孤對電子等。

 

  然而50多年來，我們使用的結構精修方法，采用的是獨立原子模型（Independent Atom Model, IAM），無法完美地描述真實的電子云形狀。因而對于高分辨率的數據，IAM結構精修方法反而會導致更高的R1值。為此，很多時候為了發表文章，或者迎合checkcif，我們只好忍痛去截斷分辨率，白白浪費了很多非常有意義的數據。

 

  而現在，Bruker新的APEX3軟件開發了IDEAL結構精修方法，在IAM的結構精修的基礎上，可以將成鍵電子以及孤對電子的貢獻加入到結構模型之中，從而獲得更真實，更佳質量的晶體結構。

 

 ▲Fig.1 IAM 結構模型下的殘余電子密度

 

獨立原子模型（IAM） VS 多極結構模型（MM）

 

獨立原子模型

原子被認為相互之間是獨立的

原子的位置以及位移參數僅能夠計算正確晶格位置的原子類型以及占有率

IAM沒有考慮到原子間的區域

IAM沒有描述成鍵，孤對電子，電荷，電荷轉移的效應

 

多極模型

MM方法模擬了原子間區域，重要的特征：化學鍵

它將總電荷密度分配給球諧函數，即所謂的多極

比如原子間向量上的偶極子可以解釋鍵電荷密度

 

 

 ▲Fig.2 IAM VS MM

 

APEX3-IDEAL，更好的結構精修方法

 

  為了更好地精修高分辨率的數據，新的APEX3軟件，開發了更完美的結構精修方法IDEAL(Invariom Derived Electron AnaLysis)。簡潔，智能的軟件界面，讓我們能夠更好地修正高分辨率的數據，從而獲得更精細的結構信息。APEX3*的XL程序可以直接調用IDEAL，精修結果和Checkcif*兼容。

 

 ▲ APEX3 Refinement

 

IDEAL結構精修舉例

 

 

 

 ▲Fig.4 Examples of IDEAL Refinement Results