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晶體日記(二十)- 有效的數(shù)據(jù)收集是較省時間的方式據(jù)- X射線衍射XRD

更新時間:2024-09-05點擊次數(shù):1264

從工作開始接觸化學小分子晶體學,經(jīng)常見的一句話:高角度沒點,怎么辦?

這看似簡單的問題,實則隱藏著諸多未解之謎。盡管它十分普遍,但每次聽到,我總會陷入沉思。我明白提問者所要表達的意思。但是這個問題并沒有表達出晶體的衍射能力怎么樣?所謂的“沒點"又表示著怎樣的具體情況?然而多數(shù)情況下,稍微問一下,就發(fā)現(xiàn)“高角度沒點"只是空洞的訴求。

分辨率,衍射能力,這是晶體學里重要的東西。然而化學晶體學很多時候都在弱化這些基礎。高角度無點,但晶體的分辨率是.9A?1.1A?1.5A?3A?還是更低?這些數(shù)字背后,其實表示著截然不同的衍射能力和晶體質量。但令人不解的是,為何所有問題都只說是“高角度沒點"?

關于回答也挺有意思。有人回答用更強的光源,有人回答用低溫就好了,也有人回答去同步輻射。為什么就沒有人反思晶體本身呢?

晶體日記(二十)- 有效的數(shù)據(jù)收集是較省時間的方式據(jù)- X射線衍射XRD

其實每個晶體都有自己的衍射能力的上限,哪怕是用宇宙再強的光源也無法突破這個極限。我們在書本上學習的很多東西都是晶體。意思是,晶體會形成很美的衍射點,Bragg衍射嘛。但晶體才是晶體學工作者的生活常態(tài)。

其實晶體的結構因子是連續(xù)的,是一種波函數(shù)。在晶體加持下,連續(xù)的波相干加強,在衍射圖上就只剩下了我們能看到的衍射點。然而晶體,比如結晶性不好,排列無序,晶體內部溶劑無序等,衍射圖上就不會有高分辨率的衍射點,衍射圖上也會出現(xiàn)模糊和波紋。所以什么樣的晶體,就會有什么樣的圖案。即便并不是明顯的衍射點,那些衍射的花紋信號也是晶體結構的體現(xiàn)。但垃圾的晶體永遠不會有高質量的衍射數(shù)據(jù),這永遠是定律(這是每個做蛋白晶體的人都有的深刻感悟,然而對于小分子晶體世界卻是另一番鏡像)。那么問題來了,0.83 A 這么一個空洞的數(shù)字,是誰來規(guī)定所有的晶體都要達到的呢?

晶體日記(二十)- 有效的數(shù)據(jù)收集是較省時間的方式據(jù)- X射線衍射XRD

▲圖1 :晶體和非晶體 圖片來源Nature 2016,530,202-206

數(shù)據(jù)收集的怪相

小分子晶體收數(shù)據(jù)或者處理處理數(shù)據(jù)有個奇怪的現(xiàn)象,不管什么晶體,都去固定在Mo靶 0.77 A or Cu靶0.83A。假設一個晶體的衍射能力極限是1.1A,那么收集或處理到0.83A的意義何在呢?當然我知道這是唯checkcif帶來的搞笑吐槽。

日前看到一個數(shù)據(jù),甚是困惑:這晶體為什么要收?又為什么這么收?

首先,這個晶體衍射很弱,為什么只用5s的曝光?蛋白晶體也是一樣。好像被同步輻射慣壞了一樣,曝光時間稍微長點就好像不可思議一樣。晶體衍射實驗就是拍照。如同夜晚光線弱了,要拍出清晰的照片不應該使勁增加曝光時間么?逼近分辨率上限的辦法就是增加曝光時間。

晶體日記(二十)- 有效的數(shù)據(jù)收集是較省時間的方式據(jù)- X射線衍射XRD

▲圖2 Frame…

第二,這個分辨率已經(jīng)很低了,為什么數(shù)據(jù)要收到0.83A呢?這張衍射圖的分辨率范圍是1.3A 到 0.84A。然而據(jù)目前的曝光時間看,這個分辨率不會有任何衍射信息出現(xiàn)。而這里的曝光時間是15s,整個數(shù)據(jù)收集了10個小時,其中9個小時在收集空白的衍射圖。然后抱怨解析不出結構。抱歉,這樣的分辨率設定是在浪費時間。

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▲圖3 Frame…

有效的Cu靶數(shù)據(jù)收集

我在培訓的時候,一直在強調一件事:不要把時間浪費在無意義的晶體和無效的數(shù)據(jù)收集上。不要把0.83A 當成“定理"一般供奉著,去浪費機時。有好的晶體分辨率可以到0.3A,自然也有不好的晶體,分辨率讓人頭疼,但這都是晶體真實的一面。

晶體測試的目的是為了闡釋分子或者晶體結構,如果這個目的可以達到,那么任何分辨率的數(shù)據(jù)都應該是有效的數(shù)據(jù)。所以如果某種晶體才試了很多次之后,極限可以達到1.1A,那這個數(shù)據(jù)就有收集的理由。即便是采集一天一夜,這也是個有效的數(shù)據(jù)。100個垃圾的數(shù)據(jù)也比不上一個有效的數(shù)據(jù)。

我們只需要設置目標分辨率為1.0 A 就可以保證衍射圖上大部分數(shù)據(jù)是有效的數(shù)據(jù),而不至于再浪費時間。目標降低了(有意義的降低)也就大幅度的縮短所需的衍射圖數(shù)目,這樣即便分配給每張衍射圖數(shù)倍的曝光時間,總體時間反而更短。

晶體日記(二十)- 有效的數(shù)據(jù)收集是較省時間的方式據(jù)- X射線衍射XRD

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▲圖4 同樣是10個小時的數(shù)據(jù),結果大不相同

這是個非常簡單的邏輯,不是嗎?

我很困惑,晶體學在不斷的進化,為什么我們的思維模式在不斷的退化,變得更加的死板。

晶體學里并沒有那么多恒定不變的定理,只是我們人為地固化了。所以忘掉死板的0.83 A吧,順便正確理解checkcif的意義。

轉載于《布魯克X射線部門》公眾號




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